Connue dans le passé sous les noms de Sancta Maria De Balneo ou Sancta Maria ad Balneum fut habitée depuis des temps lointains comme en témoignent des vestiges archéologiques, d’époque préhistorique (flèches, lamelles, pièces en terre cuite) retrouvées dans la “Grotte del Fico” . Elle s’est développée probablement au départ comme petit bourg de pêcheurs, habité successivement par les Messapiens et les Romains. A la période messapienne furent attribuées les nombreuses tombes creusées dans la roche et retrouvée tout près du centre habité. En 272 av. J.-C. Santa Maria tomba, comme tout la péninsule du Salento, sous la contrôle des romains, qui réalisèrent le port « Emporium Nauna » des édifices thermaux avec des vasques pour les bains.
Au 12ème siècle, à Santa Maria, il y avait l’imposante demeure des Chevaliers Teutoniques, formée d’une abbaye et d’un grand monastère, c’est pour cette raison que le bourg fut un lieu de pause pour les pèlerins provenant des fameuses croisades. Au Moyen-Age, après de nombreuses attaques et saccages par les pirates et les Saracènes, le village fut abandonné petit à petit. Les Saracènes détruisirent les édifices et l’église, des installations pour les bains thermaux.
Les Vénitiens envahirent également les lieux après la chute de Gallipoli, les habitants furent contraints à se réfugier dans les village à l’intérieur des terres. Dans la cadre du programme de défense au XVIème siècle, Carlo V fit construirela Torre Del Fiume di Galatena, pour défendre les sources d’eau douce présentent à Santa Maria Al Bagno (lieu d’approvisionement des terribles pirates). Après des siècles d’abandon complet de Santa Maria Al Bagno, à peu de mètres de la cote ont vit se constuire de splendides résidences seigneuriales, utilisées principalement comme résidences d’été des familles nobles.
La réelle reconstruction débuta à la fin du XIXème siècle, par quelques habitants de Nardò (dont Santa Maria Al Bagno est fraction). Ils décidèrent de l’aménager en localité balnéaire et village de vacances. Dans le domaine humanitaire, il faut se rappeler qu’entre 1943 et 1947 les Alliés de la 2ème Guerre Mondiale décidèrent d’accueillir à Santa Maria Al Bagno et dans ses environs, 100’000 juifs, ayant fuit les camps de concentration nazis et qui étaient en voyage vers le nouvel Etat d’Israel. Certains lieux furent convertis et dans une des maison de la place (actuel Bar Piccadilly) on accueillit la Synagogue et dans la ferme « Mondonuovo » on réalisa le Kibbutz « Elia ». Parmi les hôtes, il y eut des noms comme Ben Gurion, Moshe Dayan, Dov Shilansky e Golda Meir.
Pour sa grande hospitalité le Président de la République Carlo Azeglio Ciampi, a attribué le 27.1.2005, à la ville de Nardò, la Médaille d’Or du Mérite Civile. Comme témoignage de cette période il reste encore trois peintures murales réalisées par quelques déportés, en particulier, par Zivi Miller. Celui a poussé à la réalisation du Musée de la Mémoire et de l’Accueil inauguré le 14.1.2009, où en plus des fresques on trouve tout le matériel historique de cette période provenant des archives historiques de APME Association Pro Murales Ebraici de Santa Maria al Bagno et de la Commune di Nardò, avec la bibliothèque la documentation visuelle et multimédia. Récemment la localité est habitée en hiver comme en été.
